Em Megaman X3 suas técnicas são o X-Buster, que é um disparo concentrado de energia de plasma e a absorção de poderes dos mavericks. Ao decorrer do jogo, X ganha habilidades encontradas em partes de armaduras, encontradas em cápsulas, que estão espalhadas em 4 dos 8 estágios, além de heart-tanks e sub-tanks. X é muito forte e está determinado a por ordem mais uma vez no mundo, que desta vez está sendo corrompido pela maldade do Dr. Doppler e seus Mavericks.

Zero: É um reploid muito poderoso e amigo de X. Ele também ajuda seu amigo nas missões. Entretanto, não pode enfrentar nenhum chefe do jogo. Suas armas são o Z-Buster e a Z-Saber, que são armas decisivas futuramente.

Dr. Cain: Dr. Cain é um cientista e explorador que encontrou X. No jogo ele apenas orienta X e Zero em suas missões.